Hallitus päätti kokouksessaan 28.1.2001 perustaa navigointijaoston. Samana vuonna se hyväksyttiin jäseneksi Suomen Navigaatioliittoon. Jäseneksi hyväksytään henkilö jolla on rannikkolaivurikurssin tutkinto tai henkilö jolla on merikapteenin tai vastaava koulutus.

Jaoston puheenjohtajana toimii Folke Österman.